1974 nahm Pottmeyer den Ruf auf den Lehrstuhl für Fundamentaltheologie in Bochum an, den er bis zu seiner Emeritierung im Jahr 2000 innehatte. Zudem war er zweimal Gastprofessor an der University of Notre Dame (USA).

Über viele Jahrzehnte hat er sich als versierter und hoch angesehener Wissenschaftler auf dem Gebiet der Fundamentaltheologie einen Namen gemacht. Der Schwerpunkt seiner Forschungstätigkeit, die in einer großen Zahl von Publikationen sichtbar ist, lag in der Aufarbeitung der Ergebnisse des Zweiten Vatikanischen Konzils und seiner Rezeption in der nachkonziliaren Kirche. Mit großer Entschiedenheit vertrat Pottmeyer die Auffassung, dass das Potential des Konzils bei weitem noch nicht ausgeschöpft sei und es daher einer Weiterführung seiner Impulse bedürfe

Pottmeyers besonderes Interesse galt der Frage nach einer angemessenen Ausübung der kirchlichen Lehrautorität, der Bedeutung der nationalen Bischofskonferenzen und der Stellung der Laien in der hierarchischen Verfassung der Kirche. Intensiv setzte er sich mit der Zukunft des Petrusamtes auseinander, wobei er die These vertrat, dass es seine wahre Dimension als Dienst an der Gemeinschaft aller Kirchen und Christen erst entfalten könne, wenn es nicht länger von einer vorkonziliaren Ekklesiologie bestimmt werde.

Ein besonderes Verdienst für die Erneuerung der Fundamentaltheologie im Zuge des nachkonziliaren Aufbruchs stellt das 1985 erschienene vierbändige "Handbuch der Fundamentaltheologie" dar, das Potmeyer zusammen mit Max Seckler und Walter Kern konzipiert und herausgegeben hat.

Zahlreiche Ehrungen säumen den wissenschaftlichen Weg Pottmeyers. 1991 erhielt er den Johannes-Quasten-Award der Catholic University of America, Washington D.C. 1998 wurde ihm die Ehrendoktorwürde der Theologischen Fakultät der Päpstlichen Akademie Krakau verliehen, 2020 die der Theologischen Fakultät Paderborn.

Neben seiner Tätigkeit in Forschung und Lehre an der Universität wirkte er in nationalen wie internationalen Gremien mit. Mehr als zwanzig Jahre (1980–2003) gehörte er als Berater der Glaubenskommission der Deutschen Bischofskonferenz an. Von 1992 bis 2003 war er Mitglied der Internationalen Theologischen Kommission in Rom. Seit 1982 gehörte er dem Wissenschaftlichen Beirat des Johann-Adam-Möhler-Instituts in Paderborn und seit 1994 dem Wissenschaftlichen Beirat des Istituto Paolo VI in Brescia an. Seit 1992 war er Mitglied der Académie Internationale des Sciences Religieuses. Von 1995 bis 2000 war er Gastmitglied in der Kammer für Theologie der Evangelischen Kirche in Deutschland (EKD).

Wir verlieren einen Kollegen, der auch in menschlicher Hinsicht große Wertschätzung genoss. Wir werden Hermann Josef Pottmeyer in bester Erinnerung behalten.